Тракийски университет – Стара Загора е основан през 1995 година с Решение на Народното събрание от 17 юли 1995г. на основание чл.53, ал. 5 и чл.86, ал.1 от Конституцията на РБългария и чл.2, ал. 1 от Закона за висшето образование на базата на Висшия институт по зоотехника и ветеринарна медицина и Висшия медицински институт - Стара Загора, със съществуващите към тях факултети и самостоятелни звена.
През 1996 година към Университета се присъединяват Института за повишаване на квалификацията на учителите и 4 полувисши институти,които са преобразувани в колежи. Това се случва с Постановления, издадени от Министерския съвет с номера: № 62/26.03.1996 г., № 16/27.01.1997г. и № 374/15.10.1997г.
Институтите са 3 медицински в градовете Стара Загора, Хасково, Сливен и 1 технически в град Ямбол.
През 2002 година към ТрУ са разкрити Педагогически факултет и Департамент за информация и повишаване квалификацията на учителите, с постановление № 135/03.07.2002 г. на МС, а с ПМС № 136/03.07.2002 г. ИПКУ се закрива.
Към структурата на Тракийския университет е включен бившия колеж за фермери, чийто наследник понастоящем е Българо-гармански аграрен колеж с Постановление на МС № 182/11.09.2000г.
През 2000 година структурата на Тракийския университет е утвърдена като съответстваща на изискванията на чл.26, ал.1,т.1 от ЗВО с писмо на МОН изх. № 25110/10.01.2000г.
След създаването на Педагогическия факултет с писмо на МОН изх. № 0302-197/29.09.2004 г. структурата на учебното заведение е актуализирана.
Тракийски университет - Стара Загора осъществява обучение в три от четирите основни области на науката – Обществени, Природни и Технически.
Обучението във висшето учебно заведение покрива шест от областите на висшето образование – педагогически, социални и стопански, природни, технически, аграрни науки и ветеринарна медицина, здравеопазване и спорт. Обучение се провежда в 16 професионални направления от Класификатора на областите висше образование и професионални направления.
Филиали:
- Медицински колеж, Стара Загора
- Филиал – Хасково
- Департамент за информация и повишаване квалификацията на учителите
Обслужващи звена:
- Център за информационно и компютърно обслужване
- Център за кариерно развитие
- Център за електронно и дистанционно обучение
- Университетска болница
- Консултантска служба по млечно животновъдство
- Централна научно-изследователска лаборатория
- Център по отология и невро-отология