Природен парк Персина попада в Дунавския биогеографски подрайон, който е част от Европейско - Западносибирската област на Палеоарктичното биогеографско царство.
Описани са 475 вида висши растения, 162 от тях са тясно свързани с наличието на вода. В островните блата, отводнителните и наводнителните канали се срещат разнообразии растителни формации.
Естествените горски съобщества са представени от различии асоциации, доминиращи от върби, с най - голяма площ от бяла върба, тричинковата върба и ракита, черната и бялата топола, полски ясен, полски и бял бряст. Уникалният лонгозен характер на тези съобщества се дължи на добре развитите завеси на дивата лоза и хмела.
Представители на храстовия етаж на естествените гори са къпината, глогът, кучешкият дрян, червената калина, чашкодрянът и аморфата. Откритите пространства са заети основно от троскот , издънкова полевица и камъш.
Голямо е и разнообразието от рудеална растителност. Сред най- често срещащите се видове са представители от рода на лопените - тъмен, лечебен и копринено - влакнест, пълзящ пирей, миши див ечемик, склерохлоа ливадна метлица, сплесната ливадина, мека овсига и дългоосилеста овсига.
Природен парк Персина е важно място за съхранение на популациите на растителни видове - водната лейка, дяволски орех, четирилистното разковниче, триръбест ръждавец, щитовидна какичка, обикновена мехурка, жълта и бяла водна роза, блатното кокиче, блестящата млечка и други.