Медицински университет - София е основан като Медицински факултет към Софийския университет. Закон за създаването му е приет от 17-то Народно събрание на 10.11.1917 година с постановление № 21 на цар Фердинанд, което влиза в сила и е записано в правителствената Бяла книга на 22.11.1917г.
През 1950 година Медицинският факултет става отделна от Софийския университет, самостоятелна институция. Медицинска академия е създадена съгласно указ № 246 на Президиума на Народното събрание.
През 1950 се създава Институтът за усъвършенстването и специализацията на лекари.
През 1954 година Медицинска академия е преименувана във Висш Медицински Институт – и е най-голямото медицинско училище в България.
Следващата реорганизация на медицинските институти в страната е в началото на 70-те години, когато се възстановява Медицинска академия, като в състава й влизат институтите в София, Пловдив и Варна, а по-късно и Плевен и Стара Загора. Новата Медицинска академия е създадена с указ № 921 на Държавния съвет от 30.04.1972година. Към края на 1975 година в нея работят 4168 преподаватели, като броят на студентите надхвърля 10 000.
С указ №921/1990 година по инициатива на МЗ, Медицинска академия възстановява предишния си статус на Медицински факултет.
Ръководството и Ректоратът на Университета имат мисията да обединяват, насочват, интегрират и управляват многостранната учебно-образователна и изследователска дейност от колежите и центровете до факултетите на Медицинския университет.
МУ София е едно от най-големите и най-авторитетните лечебни, образователни и научни средища на българската и европейската медицинска наука.
Дългогодишните традиции на Висшето учебно заведение и преподавателите, заети в него и студентите го водят към мястото, което той заслужава сред европейските медицински университети.
От учебната 1997/1998 година в Структурата на Медицинския Университет – София са включени следните медицински колежи.
- Медицински колеж - София
- Mедицински колеж - Благоевград
- Медицински колеж - Враца