Медицинският университет в град Пловдив е основан през 1945 година. Тогава той функционира като Медицински факултет на Пловдивския университет.
През 1950 година е обособен като Медицинска академия, по-късно наименувана на големия руски учен Иван Петрович Павлов.
През 1972 г. Висшето учебно заведение е включено към състава на новосъздадената Медицинска академия, към която са присъединени медицинските факултети в София и Варна.
През 1990 година учебното заведение отново придобива статут на самостоятелно висше медицинско училище - Висш медицински институт-Пловдив.
Към учебното заведение, на 07.08.1974 година, е учреден Стоматологичен факултет.
От 27.01.1997 година към Университета е интегриран Медицинският колеж в град Пловдив.
През февруари месец 2002 година, с Решение на Народното събрание на РБългария, публикувано в ДВ бр. 20, ВМИ-Пловдив е преименуван на Медицински университет - гр. Пловдив, на основание чл.17/3/, съгласно чл.17 ал.2,т.т.2-8 от ЗВО.
МУ Пловдив е държавно висше медицинско училище, което осигурява подготовка и повишаване на квалификацията на специалисти в областта на медицината и здравеопазването. Във висшето учебно заведение се провежда научно-медицинска дейност (чл. 6, ал.1 от ЗВО).
В Университета се осъществява следдипломно обучение както и продължителна квалификация. Обучението се организира от отдел СДО.